以赣县赣州城为指挥部，狼喉营，炮营，七部门和城防军立即入驻赣州城和雩都城，马锡驻军会昌，王献驻军瑞金，谭功轩入驻宁都，高田入驻安远，刘良能驻军长宁，聆听阳驻军定南，各军入驻县城后，第一时间收编当地乡勇，防止地方势力做大，同时布置在宁都谭功轩部还要密切注意金声恒军队，防止金声恒军队从吉安府突入赣州府。
各军入驻后，再安排各部分官员进入各地驻军，防止各地将领拥兵自重，做好这一切后，秦楚才开始着手扩充狼喉营，狼喉营也终于得到扩建，从之前的三营扩充为五营，曹宇宙为第一营守备，李长刀为第二营守备，郭渊为第三营守备，李挺为第四营守备，第五营和秦楚侍卫队混编，秦楚兼任第五营守备，副守备为韩三刀，第五营编制最为庞大，共有三千余人，其余各营编制为两千五百人。
狼喉营全军编制为一万三千余人，其他各地军队不得超过六千人，超出部分军队将会被指挥部调回，各地将领对不得超过六千人这个限制，并无多大意见，因为各地都出现不同贫瘠，也难以承担六千人以上供给，跟着秦楚到赣州府百姓，秦楚纷纷安置在下属各县，将一些无主之地分给百姓。
至于赣州本土派县城，秦楚暂时没有插手，这些本土派好不容易有了自己势力范围，每座县城每个月给秦楚孝敬一千两白银和一千斤粮草，作为交换，秦楚只是象征性在本土派占据县城安排几个情报部官员，用来传递各地情报。
陛下圣旨也已送到，任命秦楚为兵部左侍郎，兼任赣州府知府，提督赣州府和建昌府军务和政务，但是陛下并没有把抚州府给调拨给秦楚，而是把包括抚州府等江西其他各地，都由金声恒提督，并且把徽州府也交给金声恒，任命金声恒为江西布政使司，而池州，宁国，安庆，庐州四府都交给金声，由金声提督一切政务和军务。
隆武帝自身也属傀儡，对地方势力做大毫无办法，也就乐的顺水人情，只要是由各地军阀打下地盘，都下圣旨任命军阀为当地一把手，金声也知道这样做法不对，但是当前也管不了那么多，毕竟清军才是头等大敌，只有尽快拉起忠于朝廷军队，等赶走清军，以后在慢慢收回兵权。
朝廷这样东一块，西一块切割做法，把江西一部分划给秦楚，又把南直隶一部分划给金声恒，目的是让金声，金声恒，秦楚三人相互制衡，以免一家独大，不过这究竟是陛下意思，还是郑芝龙意思，众人三缄其口，明眼人一看就知道这是人为故意的分割，但也都不点破，都在埋头发展一亩三分地，以后的事情以后再说。
秦楚正是上任赣州府知府，也开始着手组建建昌府和赣州府明面上官府班子，任命从武昌府兴国州跟着他南下李振和沈朴二人，其中李振为建昌府知府，勾皮为建昌府守备，杨巴龙为建昌府推官，秦楚不担心杨巴龙和勾皮会在建昌府建立自己实力，因为建昌府也无多少人烟，况且两人上面还有李振压着，同时秦楚提拔岳令柒为建昌府游击将军，带领赣州府两千乡勇入驻建昌府，防止建昌府本土势力做大。
建昌府框架搭建以后，秦楚送李振上任前，给他安排五十个护卫，只给他一个任务，建昌府就是给赣州府吸纳难民，充实人口，而另一人沈朴，则是被任命为宁都州知州，和谭功轩一起驻守宁都，防止金声恒有可能入侵赣州府军事行为。
赣州府草台班子也被搭建起来，其中牛光天为赣州府同知，花三娘为赣州府通判，江臂通为赣州府推官，黄绍山为经历，渔夫为知事，洪群时为照磨，六部门佥事都在赣州府官府挂职，其唯独徐仁才作为情报部头子，情报部又有自身独特性，战斗在隐秘战线，情报部官员没有在赣州府刑侦部门挂职，对此徐仁才没有任何不满，甚至非常感谢秦楚，体谅情报工作的特殊性。
秦楚在赣州府所作所为有张有度，并没有损害到赣州府本土势力利益，周福东等人也被秦楚任命为本土势力所在县城知县等官职，反正这些地方，秦楚也没有能力控制，就让本土势力自行发展，不用他来承担军饷和粮草，还能够收上来一部分银子和粮草，本土势力也乐于发展自己势力，他们实在是被官军和清军搞怕了，清军一来，官军就跑了，官军跑了，清军就开始烧杀掠夺，这换谁都扛不住这样洗劫。
被三番五次洗劫后，本土势力认为只有建立自己的武装力量，才能够在清军马刀下获取一线生机，就是在这种思维下，本土势力疯狂扩充兵马，他们有的是钱和粮草，短短一个月时间，本土势力依靠掌握五座县城，竟然拥有三万多兵马，这其中有战力军队不足只分之一，大多数人都是临时征召杂牌军，还有一些江洋大盗和死囚犯，作为炮灰也被充斥到军队中，这些地方兵马看起来很多，实际战斗力却非常地下，秦楚对他们所作所为，也是睁一只眼，闭一只眼，任由他们野蛮发育。
明军在江西如火如荼发展，清军日子却很不好过，叶臣撤到长沙府后，在这里稍作停留，准备休整一段时间，然后全军前往南安府，和刘武元，胡有升等军队汇合，从南安府进攻赣州府。