但时间长了，他品出滋味了，原来和段共事的这个总统，差不多是啥也不是，这情何以堪呢？
你退一步，人家说不定要进两步。不行得争。
这争执的第一遭，是军权，这也是历来总统、总理间的争执焦点。冯就任不久，就想恢复“大元帅陆海军统率办事处”，段当然不肯同意。段在国务院设立了“参陆办公处”，以取代袁世凯时代的“统率办事处”。
冯要过问全国大事，坚决不做有名无实、像个泥塑的大总统。段在这一方面总算让了步，自民国六年十月八日起，每天派一位官员向总统报告政情。
可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓。
在用兵方面，段的主张是武统南方，而冯和陆荣廷、唐继尧有交流，希望和南方和解。
在对四川用兵时，是平定四川内乱，从表面看是不得已而为之，两个人没产生太大的分歧。但是对湖南用兵不一样，于是，两个人的矛盾和冲突公开化了。
段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁。这就是明明告诉请愿的人说：是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。
刘建藩、林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。
当湖南战事发生后，北京政府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容：“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”
冯、段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江三省地盘，然而湖北、江西和江苏不相联结，并且因为地形分散而力量不集中，尤其是江苏更是处于皖系势力的三面包围中。至于冯国璋自己身居北京，也是在皖系势力范围内。
不过，皖系军人纸上谈兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南时，必须越过长江，要经过直系的地盘。直系地区虽然分散，却是皖系用兵西南必经的通道，所以段在征南军事上必须要取得冯的支持。
需要合作了，冯手里有了筹码，也就可以互相牵制了，于是，冲突也上台阶。
段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途。
当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入。段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的梦想，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长。曹是著名的亲日派，段后来为国人攻击卖国，和重用曹有很大关系。
日本为了对中国贷款，以朝鲜、台湾、兴业三银行合组一特殊银行团，由日人西原龟三经手，这便是后来有名的“西原借款”。
“西原借款”的背景是：日本大隈内阁曾以强硬态度向袁世凯提出《二十一条》，企图一举鲸吞中国，遭到中国人民的强烈反对。继任内阁首相寺内正毅鉴于前任之失败，乃以大量借款代替强硬交涉，既可缓和中国人民的激忿不满，又收加紧控制、掠夺中国之效。
日本的经济状况，因欧战关系增加了商品输出，有了过剩的资本，为向中国输出资本提供了可能条件。
因此，日本便采取了所谓“菊分根”政策，即像菊花分根移植一样，将资本输入中国，大量借款给段祺瑞政府，以获得掠夺中国种种特权，企图变中国为其独占的殖民地。
为了向中国输出资本，才有日本的兴业、朝鲜、台湾三家银行在政府的支持下组成特殊银行团，专事对华投资。
一九一七年八月，段祺瑞政府也成立了中日合办的中华汇业银行，作为借款的经手机关。
日本三家银行所组成的特殊银行团，只是名义上的承借银行，实际上，所借款项均由日本政府从国库预备金中支出。
同时，所借款项不以日本政府名义出面，而是由以寺内正毅私人代表身份的西原龟三出面联络。对华借款由特殊银行团承借并由西原龟三出面，这是日本政府煞费苦心的特殊安排，以避免其他帝国主义的注意和干涉，实现其单独对华借款的野心。
为取得这笔款项，段祺瑞把东北的修筑铁路、砍伐森林和采矿等一系列中国主权出卖给日本，为日本后来全面侵占东北埋下隐患。