与会代表一致同意，可是又提不出召集国会的办法。
五月二十一日的第四次会议和二十二日的第五次会议经过了一再磋商，才决定了丁世峄的提案，且为冯国璋所赞同的办法。通电邀清独立各省代表参加南京会议，解决总统问题。
倪嗣冲对于独立各省代表共坐一桌开会讨论是不赞成的。张勋一心想取得督理江苏军务，内心亟愿把冯赶走，便和倪采取同一态度。
南京会议结束后，冯、张、倪联合发表通电云：
“云南唐蓂赓先生、贵州刘如舟先生、广东龙子诚先生、南宁陆干卿先生、杭州吕戴之先生鉴：华密。天祸中国，自启内讧，战端一开，造成浩劫。已经独立各省，困于杼柚，扰于兵戎，人民何辜，惨遭荼毒。其未独立各省，亦复惧祸无日，望治无期。风鹤频惊，难安启处。同舟相敌，嫌衅日深。夫以我国介列强之间，承积弱之敝，整齐固结，犹虑不遑，岂堪一再摧残，重伤元气。无如举事者之初意，本出于爱国热忱，而现政府之转圜，亦抱定息争主旨，徒以意见隔阂，不能融洽贯通，遂尔背道分驰，乖离愈甚。
“虽彼此久已停战，而解决尚属空言。军队有枕戈坐甲之劳，商旅有裹足柅车之戒；百业停滞，众议沸腾，内部分攘，国将不国。长此因循不断，险象且百倍今兹。悲我者利用时机，已抉藩篱，而进窥堂奥，骎骎见逼，应付几穷。倘不审度国情，速筹正当办法，惟知谬执己见，日以语言文字相诘难，窃恐辩论方无已时，而主宰之权已不属诸我国人之手。方念及此，心骨皆寒。勋、国璋、嗣冲忝荷仔肩，安危与共，值此存亡呼吸，何容坐视沦胥。
“昨经电约十五省将军、巡按使，遣派全权代表，到宁迭次开会讨论，佥谓今日时局，当以救亡为前提，顾非统一，则无以救亡，非联合，则难期统一。第推测外界之情形，轸念人民之苦痛，联合统一之道，自以和平为先。至于总统问题，关系国家存亡，既非五省片面所能主张，亦未便以十五省之心理为依据，亟宜研究妥善办法，以救危亡。今拟定南京为集议地点，由五省选派政治法律专家为全权代表，或五省共派数人，或每省各派一二人，订期来宁，与十七省代表共同研究，议决实行。勋等讨论告终，业已全体一致，欲挽目前之倾覆，宜视事实为转移。五省果具同情，当不坚持异议。中央宣言救国，尤必曲谅苦衷，并力图存。时乎不再，用特通电布闻。接电后请迅速电复，并派定代表来宁，曷胜翘企。张勋、冯国璋、倪嗣冲。”
张勋见此电后，觉得有些提法不符合自己的想法，便又以个人名义发表通电云：
“据敝处代表回徐报告，此次江宁之会，冯上将军于第一次会议提出三项问题；第二次会议时，业经各代表依次宣言，知各省军民长官，多数皆以拥护中央，保存元首为宗旨，是退位问题，已属无可讨论。且由冯上将军主张，欲求乎和，非先以武力为准备不可；所有应奋军旅饷项，并经各代表预先分别担任，冯上将军并以前敌自认。敌忾同仇，可钦可敬。惟湖南代表有爱人以德之言，迨经倪将军详言辩诘，则亦无词置对。足见公论所在，断非个人私见所能违拗。
“不意第四次会议时，鲁、湘、鄂、赣诸代表，竟于议案范围以外轻遽发言，或以外人逼胁为言；或以用兵困难为说，辗转波折，故甚其辞，几将前经公决议定铁案，一概抹煞，重行讨论。显见受人播弄，暗中串合，故与南方诸省同其声调，必非该本长官所授本意。况靳、汤、王、李诸将军，公忠体国，威信久孚，或军当困难，百折不回；或地处冲繁，一心为国。勋处屡接来电，莫不慷慨淋漓，令人起敬；而该代表竟敢擅违命意，妄逞言锋，实属害群之马，允当鸣鼓而攻。
“虽现在电致南方各省，令派代表到宁与议，复电能否依从，尚难遽定。而我方内容，则不可不加整饬，以求一致。诚以退位问题，关系存亡，非特总统人才难于胜任，即以外交、军政、财政而论，险象尤难罄述，如果国本轻摇，必沦胥俱尽；即使南方各省，果派代表到宁与议，亦当一意坚持，推诚相告，必不见听，即以兵戒。倘内容不饰，先馁其词，则国家之亡，有可立待。用此通电布告，愿我同胞，共相砥砺。设有非议此旨者，即以公敌视之可也！临电迫切，无暇择言。勋。有。”
南京会议的最后的结果，是让各方都很失望。冯国璋没有达成心愿，袁世凯的事没办成，张勋也没如其所愿。是什么问题也没解决，以不了了之而收场。
但是，南京会议清楚的表明，袁世凯和他的政府,已经不能控制大多数的未独立省份。