于是宋教仁遇刺案怀疑的对象从内务部秘书洪述祖，进一步被引到赵秉钧和袁世凯身上。
四月四日下午公审公堂开庭预审时，先由代表公共租界巡捕房出庭的刑事检查员侃克律师，介绍此前在法租界的会审公廨初步审讯武士英的情况：武士英已承认一九一三年二月来到上海，认识陈玉生后，于三月十九日在陈玉生带领下到应桂馨家里。
三月二十日，他与陈玉生再次来到应家看了宋教仁的照片，然后带着手枪前往火车站。刺杀成功后，他乘坐人力车逃到应家与陈玉生见面，并得到应桂馨夸奖。
曾经在云南当过营管带（营长）的山西籍军人武士英，刺杀宋教仁前，已经落魄到连房租都交不起，出门找工作都得向他人借车费和饭钱的地步。于是有过从军经历的武士英在一千块现大洋的诱惑下，干起了杀人的勾当。
但是令武士英没有想到的是，其杀死的人是大名鼎鼎的国民党青年领袖宋教仁，而杀人以后的报酬，其还来不及挥霍就被巡捕房给抓获了。
根据武士英被捕以后的供述，案情已经很明了，他是通过黑道人物介绍，接了个杀人的差事，报酬为一千现大洋。这个姓陈叫陈玉生的黑道人物将他介绍进了共进会（以青红帮流氓为主要成员的黑社会组织），雇佣他杀人的老板是共进会头目应桂馨。
经过一个多月的审讯后，法租界将武士英引渡给了中国政府，并将其转移关押到警备森严的上海模范监狱。
可惜，武士英在法祖界关押期间，因受了风寒染病，加之知道自己没有生路后，心理压力太大，加重了病情，于一九一三年四月二十四日病死于监狱内。
为了弄清楚武士英之死，**部门聘请了多位医生对武士英的尸体进行了解剖检验。证明其死于疾病，而非袁世凯方面宣称的被陈其美灭口。
应桂馨的代理律师沃沛辩护道，行凶之人说是某人主使，而没有第三人可以证明，这样的证据是不能够成立的。沃沛虽然没有点出第三人的名字，他所说的第三人显然是指已经于三月二十七日被抓获归案的陈玉生。
令人奇怪的是，已经被抓获归案的陈玉生，一次也没有出现在连续七次的法庭预审当中，而且从此再也没有音讯。
四月十一日下午，公审公堂第六次开庭预审，应桂馨当庭说，三月一日或二日，武士英带着吴乃文的推荐信到他家里求职。他送走武士英后，当即吩咐手下人，以后武士英再来就不要通报接见了，拒不承认买凶杀人的罪行。
案发之后，武士英留在应桂馨家里的吴乃文推荐信被搜查出，保存在巡捕房里。
在宋教仁案的涉案帮凶中，吴乃文是最为关键也最为神秘的一个人。吴乃文既是武士英与应桂馨认识的介绍人，也是在现场指挥武士英刺杀宋教仁的犯罪嫌疑人之一。而在一九一一年十一月九日上海《申报》刊登的《沪军都督府各部职员表》中，谍报科科长应桂馨手下的三名一等科员中，恰好也有吴乃文的名字。
无独有偶，曾经委托王阿发到应桂馨家里登门卖画的拓鲁生，又恰好是为宋教仁送行的国民党要员。
宋教仁案经过会审公廨连续七次的依法预审，遗留下来的最大疑点和盲点，就在于原、被告双方配合默契地避免了武士英与应桂馨的当庭对质。这是一桩并不复杂的暗杀凶案，只要把已经抓捕归案的武士英、应桂馨、陈玉生，以及参与或见证暗杀活动的吴乃文、拓鲁生、王阿发等人拉到一起当庭对质，便可以真相大白。
包括在凶杀现场无一巡警，这一系列的事情，开始让人们怀疑，所有这一切与其说是偶然与巧合，不如说是前沪军都督陈其美及其参谋长黄郛等国民党人士里应外合的精心安排。
宋教仁遇刺后举国震惊，刚刚成立的国民党内部陷入了一片混乱和愤怒之中。国民党方面所需要的的似乎不是宋教仁案的事实真相，而是通过真假难辨的舆论宣传，来针对袁世凯、赵秉钧及中央政府实施道德上的妖魔化。
在案子还在审理之中时，上海的报纸上就连篇累牍报纸上公布了，应桂馨和内务部秘书洪述祖、赵秉钧往来电报。