然而陈炯明认为此举有兵谏之嫌，他表示在各省军队撤出广州之前，他都不打算去广州。显然他不想被人误解，他说：“一旦粤军叛孙，则天下之恶皆归焉”，这是他不愿看见的。
隔空喊话估计不带劲，几天后，孙逸仙邀请广州报界出席茶会，他决心通过报纸向陈炯明摊牌----这个时候他还以为局势控制在陈炯明手里，可见他仍然没以为陈炯明会害他。
他宣布：“我下令要粤军全数退出广州城30里之外，他们若不服命令，我就用武力镇压他。人家说我孙文是车大炮（说大话），但这回大炮更是厉害，不是用实心弹，而是用开花|弹，或用八英寸大炮的毒气弹，不难于三个小时之内把他的六十余营的陈家军变为泥粉！
但残害六十余营的军人，且惊动全城的居民，不免过于暴烈。但我不如此做去，他们终不罢休。我只望报界诸君，主持正义，十天之内，做足功夫，对于陈家军，加以纠正。陈家军若改变态度，即不啻如天之福，万一无效，就不能不执行我陆海军大元帅的职权，制裁他们了！”
这不是恐吓，因为追随孙逸仙的原中华民国海军司令程璧光在反袁的时候基本上把整支舰队都带到广东，让中|央后来的几任海军总长成了空架子。“海圻”、“海琛”、“肇和”等几艘炮舰都是大舰，特别是“海圻”号，是当年清政|府购买的一艘排水量为4300吨的巡洋舰，装备有各种火炮34门，一次齐射，赶得上一个炮兵团的火力。
于是6月15日深夜，粤军高级将领在郑仙祠召开紧急会议，决定武力驱逐孙逸仙下台。在这危急关头，陈炯明在惠州派秘书陈猛荪持亲笔信劝止叶举。但叶举当着陈猛荪的面把书信掷落地上，让他回报说事情已不容不发…
得到消息的陈炯明怒不可遏地把茶盅也打碎了。
矛盾一触即发。
次日凌晨，叶举开始行动。他们提出的要求，与蔡元培等社会名流所提出的相同，就是请孙逸仙兑现他的诺言，并非想致孙于死地，所以在开炮前让人打电话向他透露了消息，让其赶快逃跑。
后来多位历史学家研究，六一六事件发生之时，陈炯明绝对不是主谋。孙逸仙炮轰广州后，陈炯明禁止部下组织大规模的反击，让孙逸仙安全离粤，实际上救了他。
俗话说一人巴掌拍不响，这起事件不能全怪陈炯明，孙逸仙也有很大责任：他先利用陆荣廷赶走龙济光，然后利用陈炯明、杨希闵和刘震寰三方势力赶走陆荣廷，然后又想利用杨、刘赶走陈。
如果得逞，后继会再用苏联人建党军消灭第三方。整个思路借力打力，能在几乎手无寸兵、寄居人下时还想得出这些厉害招数，表明孙老也不是盖的。
可是惯常黑吃黑的孙逸仙也有灯下黑的时候。因为他在陈炯明的地盘上。
粤军干将叶举、洪兆麟、熊略等集结了五十个营二万五千兵力，于6月16日凌晨突然炮轰总统府。宋庆龄以国家为重，再三央求孙逸仙先走，孙逸仙犹豫不决，林直勉等见事急燃眉，于是当机立断，不容分说，用力挽着孙逸仙强行撤离。
经过多方的曲折，孙逸仙他们终于安全抵达黄埔，登上了永丰舰。
凌晨将近六时，李章达等率领警卫团最后撤出总统府，冲出重围，辗转到达长堤海珠岛，乘电船登上白鹅潭的永丰舰，跟随孙逸仙与叛军决战。历尽艰险，他们为保卫孙逸仙、孙夫人等立下了汗马功劳。
不过蒋介石最终没有像正史上那样成其功劳。因为张汉卿比他更快，熟知史实的他在孙逸仙蒙难的次日即在武汉誓师南下。
华中人民军第8、10师沿粤汉线集结到株洲，向衡阳进发，于6月18日抵达郴州。驻江西的第4、9、11师也停止休整，向抚州集结。
赣南镇守使方本仁是与北伐军暗地里“同气连枝”的，见人民军由原先的“敌军”遥身一变为支援孙逸仙的“友军”，命令本部放开大路，听任人民军过境。
原本正史上的蒋介石在得到孙逸仙“事紧急，盼速来”的电召后倒是星夜自上海驰赴广东，在与孙逸仙共患难56天后终于脱险，并在随后将此战经过写成孙大总统广州蒙难记》。他起了贼鸡心思请孙逸仙作了序，从此在党内名声鹊起，也造就了一代枭雄。
不过战局的发展太快，他根本没有崛起的机会，这是时势造成的。