高迎祥率军至龙亭，此地为子午道上一个较大居民点。午谷，南北纵向，长约三百三十公里，北起长安，西南互秦岭山中，南至石泉县；北方出口称子口，南方出口称午口，这便是子午口的来历。
子午谷悬崖绝壁，栈道无数，其险要的原因乃在于秦岭。秦岭又称为终南山，山势西高东低，为长江、黄河两大流域的分水岭。子午谷围于其中，其山势之险峻，途径之恶劣，则可想而知，所以，兵家才发出了秦岭六道，子午为王的感叹。
龙亭位于汉中平原最东端洋县的川道口处，其东为丘陵山岳地区，其西则是汉中平原区，但是子午道有两条，到底是走新子午道还是旧子午道，从路程上看，旧子其中秦岭梁地势险要，而黄金峡临黄金水所相邻的锁龙关、铁城戍都有重兵把守。
而新子午道则通过三个海拔高点，依次是黄金峡大拐弯、平河梁和秦岭梁，新线比旧线少翻一个高山，而且平河梁地势较为平坦，所以高迎祥决定走新子午道。
随后大军行至三河关受阻，三河关为佛坪县大河坝乡三河口村，蒲河、汶水河、椒溪河汇合处，关隘在三河口大坝处，三河关把总陈玠琦拒不投降，且三河关大部分人皆姓陈，都算是家丁，一呼百应，加上关口墙、垛均为石头砌成，地势又利，易守难攻，三水汇合之地，河道纵横，沼泽遍地，大军又不好展开。
高迎祥率部攻了四天才攻破关口，但是三河关把总陈玠琦派人去给正在西安操练兵马的孙传庭送去了求救文书。
此时的距孙传庭到任还不到三个月，手上的军队也只有离京时的三千人，在接到求救文书后，决定一方面立刻派人前往洪承畴、卢象升处求援，一方面派人继续探查高迎祥接下去的进兵路线，准备等待洪承畴大军一起擒住这个贼首。
而洪承畴在接到孙传庭的求援以后，立刻率大军前往西安救援，并派遣了贺人龙为前锋。
孙传庭汇合贺人龙部，兵出西安，他料定高迎祥要走这条道，亲率一万精兵，以逸待劳，布下埋伏，早已等候多时。
他们仇人相见，啥也不说，抽刀便砍，一开战就是好几天，流寇不敌，最终高迎祥的军队被包围。
名将孙传庭真不是等闲之辈，吩咐手下，竖起一面白旗，和一面红旗对敌军进行分化瓦解，愿意投降的可以去白旗那，愿意打的去红旗那送死。
这招瓦解敌人的招数果然有用，高迎祥在黑水峪虽然奋勇抗敌，终究是大败，全军覆没。
孙传庭，初任陕西巡抚，主要任务就是剿灭流寇，而这位孙传庭仿佛就是高迎祥的克星，孙传庭到任之后，重新组建军队，在榆林镇招募乡勇，组建了秦军。
这支军队只经过短暂的训练，开赴战场，却展现了强大的战斗力，成为与关宁铁骑等齐名的精锐部队，而且孙传庭下决心稳定陕西局势，恢复生产，其首要任务就是剿灭流寇。
但是令人意外的情况出现了，这就是孙传庭经过短暂训练的这一支军队，居然爆发出强大的战斗力，跟高迎祥他们的身经百战的流寇精锐军队，居然不相上下，双方在子午谷附近，杀了一个天昏地暗。
高迎祥他的大军本来就是丧家之犬，一直被人东赶西赶，现在更是走投无路了才寻思量冒险，偏偏他们又不走运，遇上了天下大雨，缺粮缺的厉害，结果他们被孙传庭大军打了一个措手不及。
高迎祥他的大军都被对方给冲散了几次，好不容易集结起来，也都被孙传庭使用大军把他们的冲散，后来高迎祥他与主力部队都失散了，与十几个手下走进了一个山洞里，结果被追赶上来的明军发现，直接就把他给生擒了。
高迎祥的被生擒，给这支军队以致命的打击，本来流寇大军因为主帅还在他们还在苦苦的抵抗，但是因为高迎祥的被生擒，他们顿时就没有了士气，这支五万人的大军，不是投降了，就是逃进了山里，这逃进山里面的，就包括李自成和罗汝才等等。
可以说高迎祥他这一次冒险的举动，给自己带来了灭顶之灾，致命的危机，也把他这一支好不容易才从中原逃出来的流寇大军，陷入万劫不复之地。